Am 28.3.1859 reichte der kath. Pfarrer Weizmann den Antrag zur Errichtung einer katholischen Schule in Heiligenhaus ein. Schon am 1.5.1859 begann Lehrer Johann Müller aus Homberg mit dem Unterricht für 62 Kinder im Pfarrhaus am Hahnen. 

Obwohl schon 1860 durch die Regierung   erlassen wurde, dass die Privatschule als kath. Gemeindeschule zu betreiben sei, einigte man sich erst 1863. An ihrem heutigen Standort wurde der Neubau als katholische Ortsschule am 8. November 1865 mit Lehrer Seibring eingeweiht. Gab es zuerst zu wenig Schülerzahlen, ja sogar Querelen mit der  Hetterscheidter kath. Schule in der Abtsküche (das Fachwerkhaus von 1782 neben der St. Jacobus Kapelle) wegen des dortigen Schülerrückgangs, mußte schon nach einiger Zeit das katholische Pfarrhaus und die Evangelische Schule II (heute Schule Schulstraße) mit benutzt werden. 

1889 wurde die Schule mit über 120 Kinder zweiklassig und bekam einen 2. Lehrer. Unterrichtet wurden die Schulkinder der neuen Klasse abermals im Pfarrhaus. 
Sechs Jahre später besuchten bereits 169 Kinder die Schule und es wurde eine 3. Klasse eingerichtet. Bis der dringend erforderliche Erweiterungsbau im Mai 1897 fertig gestellt wurde, mußte ein Klassenraum der ev. Schule II (heute Schule Schulstraße) mit benutzt werden.

Der Gemeinderat beschloss im Juni 1900 die Einrichtung einer 4. Klasse, es besuchten inzwischen  251 Kinder die Schule. Dabei mußte die Schule auch Kinder aus Hetterscheidt aufnehmen, da die dortige Schule inzwischen überfüllt war (erst 1911 bekam Hetterscheidt eine 2. Klasse).  
Im Herbst 1903 wurde das heutige Schulgebäude neben dem Pfarrzentrum neu gebaut.
1906 wurde mit über 300 Kindern die 5. Klasse eingerichtet. Zuerst wurden die fünf Klassen von vier Lehrern unterrichtet bis dann der 5. Lehrer bewilligt wurde.
Durch den Ersten Weltkrieg wurden mehrere Lehrer zum Kriegsdienst eingezogen oder als Vetretung an andere Schulen geschickt, der Unterricht war stark eingeschränkt. 1917 wurden 2 Klassenräume als Lazarett genutzt.
1920 feierte Schulleiter Seibring sein 50-jähriges Dienstjubiläum, und übergab 1921 die Schulleitung an Andreas Liese. Otto Rahmann übernahm 1932 die Schulleitung von Liese der 27 Jahren an der kath. Schule tätig war. Die Schule wurde von 232 Kindern in fünf Klassen besucht.

Während des 2. Weltkriegs erfolgte 1941 der Wandel zur überkonfessionellen deutschen Volksschule Heiligenhaus, sie wurde von Rektor Wilhelm Wagner geleitet.
Ein Lehrer und fünf Lehrerinnen unterrichteten 1945 die die 316 Schulkinder der kath. Volksschule Heilgenhaus.1947 waren es bereits 3 Lehrer und sieben Lehrerinnen für 498 Schulkinder. Von 1946 bis 1963 leitete Franz Lüke die Schule.
5 Klassen und 3 Notklassen (in einer Baracke im heutigen John Steinbeck Park) wurden 1949 von 572 Kindern besucht. 

1950 erfolgte dann die  Grundsteinlegung für einen Erweiterungsbau am Südring/Ecke Wülfratherstrasse (für neun Klassenräume, eine Aula und eine Küche) der 1952 eingeweiht wurde. Der Unterricht fand in dieser Zeit im ehemaligen HJ-Heim (stand Ecke Südring / In der Blume, heute Verwaltungsneubau) statt. 
1956 besuchten 394 Kinder in  zehn Klassenräumen  die St.Suitbertus-Schule. Herr Ehlen wird am 1. April 1963 neuer Schulleiter. Mit ihm ziehet der Montessorigedanke in die Schule ein. Nach der Reform des  Volksschulwesens 1966 wurde dei St. Suitbertus Schule als Hauptschule gführt und umfaßte die Schuljahre 1 bis 9.

1969 wurde bei der strukturellen Schulreform aus der Hauptschule, unter Rektor Norbert Ehlen, die städtische katholische Grundschule St.Suitbertus mit 358 Schülern.

In den Weihnachtsferien 1974/75 wurde die Schule wegen starker Senkungsschäden saniert, sieben Klassen wurden in das alte Schulgebäude in der Abstküche und in die Villa Küpper (Musikschule die 2007 abgerissen wurde) ausgelagert. Im Schuljar 1975/76 besuchten 238 Kinder die St. Suitbertus Gundschule.
Der Abriss des ehemalige Schulgebäude an der Hauptstraße welches seit 1959 als Pfarrjugendheim genutzt wurde erfolgte 1979. Ab August 1984 gibt es vier jahrgangsgemischte M-Klassen.
Im August 1988 wird Herr Resch Rektor der Schule, Herr Ehlen tritt in den Ruhestand.
1990 wird er M-Zweig auf 5 Klassen und 1992 auf  6 Klassen ausgeweitet.

Seit dem 1.8.2001 wird die Schule von Frau Dorothea Roth geleitet.